Bayard est né d’un bulletin d’information à destination du Conseil général des pèlerinages devenu rapidement une revue familiale et populaire, atteignant même 1,2 million de lecteurs en 1932.
Jusqu’aux années 70, le groupe a grandi en France sous le nom de La bonne presse. À cette époque, il publie essentiellement des journaux et lance La Croix, Notre temps ou encore Pomme d’Api.
En 1989, Bayard décide de développer des collections de livres de poche pour la jeunesse en prenant appui sur les succès des publications de presse « Belles Histoires », « J’aime lire » et « Je Bouquine ». La maison d’édition sort ensuite une série jeunesse Chair de Poule de l’écrivain américain R. L. Stine, laquelle rencontre un succès immédiat en France (et l’auteur est surnommé le Stephen King des enfants).
En 2014, Bayard éditions rachète les éditions Milan puis les éditions Tourbillon (2017) et conforte sa place de leader de l’édition jeunesse sur le marché. En 2011, la maison étoffe son catalogue avec le label « BD Kids ».
Le pôle édition de Bayard publie chaque année plus de 80 nouveaux livres, essais et documents, sur la religion et les sciences humaines (spiritualité, histoire des religions, éthique, société, philosophie…) sous le nom de Bayard Éditions.
Les éditions CRER-Bayard publient par ailleurs des ouvrages d’annonce et d’approfondissement de la foi chrétienne.